Petite ville de 6000 habitants, Corte a joué un role important dans l'histoire de l'île. Jouissant d'une situation géographique centrale, à mi chemin entre Ajacciu et Bastia, elle fut choisie comme capitale de la Corse indépendante de 1755 à 1769.

L'antiquité du site est attestée, par l'existence de menhirs, pour la préhistoire, et par les vestiges des bains pour la période romaine. La cité existait avant la construction de la citadelle par Vincentellu d'Istria en 1420.
En fait, Corte ne devint la ville symbole qu'elle est actuellement redevenue, que de 1729 à 1769, lors de la Révolution de Corse contre Gênes et de la brève indépendance sous Pasquale Paoli. Le 3 janvier 1765 s'y ouvre une université, qui sera fermée après la conquête française. Certains termes du Diplome de fondation de 1764 méritent lecture. Ainsi de la dénonciation de la "détestable politique génoise  de tenir les peuples dans une crasse ignorance ", les contraignant à l'exil pour acquérir " cette précieuse culture qu'il ne leur était pas permis de trouver dans leur Patrie ". Le principe est clair : que l'exil ne soit plus le chemin obligé pour accéder à la culture.
En 1980, l'Université de Corti, a été " rouverte ", après une longue lutte du peuple corse.
La Corse indépendante (1755-1769)
Pascal Paoli, fils de Hyacinthe, l'un des chefs de la révolte de 1729, avait fait ses études en Italie, connaissait les philosophes de son temps, appréciait la doctrine du despotisme éclairé. En 1755, il débarque en Corse et est choisi en juillet comme général en chef, pour une guerre contre Gênes, qui doit conduire à l'indépendance.
Ayant choisi Corti comme capitale, il fait approuver une Constitution démocratique :
Une Consulte, élue au suffrage universel, est l'organe souverain. Elle désigne et controle le "général" (le chef d'Etat), les chefs militaires, les administrateurs, vote les lois et le budget. L'exécutif appartient au général, qui préside un Conseil d'État de neuf membres. Les tribunaux sont hiérarchisés.
Paoli entreprend une œuvre de rénovation économique. Il fait assécher les marais, construire des routes, prospecter mines et carrières. Il crée le port d'Isula Rossa, pour concurrencer Calvi aux mains des Génois, et se donne une marine de commerce sur laquelle flotte le drapeau national à tête de maure. Une Monnaie frappe des pièces d'argent et de bronze. Il fonde en 1765 à Corti une université ouverte à des étudiants boursiers. Une imprimerie publie un journal officiel et des ouvrages de polémique.
Ces réalisations, conformes à l'esprit des philosophes, provoquent l'admiration des contemporains et incitent Jean Jacques Rousseau à proposer à Paoli un projet de constitution.
Sur le plan militaire, Paoli crée une force permanente de deux régiments à coté des milices entretenues par les communes. Il commence à former une marine de guerre.
Gênes, inquiète pour ses dernières places fortes, fait appel à la France, qui redoute pour sa part que Paoli ne fasse appel aux Anglais. Paoli, maître de la presque totalité d'une île dont l'indépendance a été proclamée, refuse de reconnaître l'autorité génoise et entend traiter directement avec le roi de France du sort de la Corse.
Par le traité de Versailles, signé entre la France et Gênes le 15 mai 1768. Gênes cède à la France ses droits sur la Corse comme gage provisoire de la dette qu'elle a contractée antérieurement, quitte pour elle à les recouvrer quand elle pourra rembourser cette dette. En droit donc, la cession n'est pas définitive. Mais Gênes ne pourra jamais rembourser. Gênes a donc vendu la Corse à la France pour 2 millions de livres. Voltaire écrivit à ce sujet : "Il restait à savoir si les hommes ont le droit de vendre d'autres hommes..."
Paoli n'a pas accepté le traité, pour lequel la nation corse n'a pas été consultée ; l'assemblée décide la guerre contre la France. Cette guerre, à laquelle participe Charles Bonaparte, secrétaire de Paoli, est dure mais courte ; la faiblesse des forces de Paoli, l'importance du parti français conduisent au désastre de Ponte-Novu le 9 mai 1769, après lequel Paoli s'embarque en juin sur un navire britannique pour l'Angleterre, dont le roi lui versera une pension.